2003 – 2006 - Na época 2004-2005, o Amarante F.C. disputou a Divisão de Honra do Campeonato Distrital do Porto, tendo obtido o 3º Lugar na tabela classificativa.

Na época 2005-2006, o Amarante F.C. sagrou-se campeão, tendo ascendido à 3ª Divisão Nacional.